Năm 1975, từ tổ chức đầu tiên là Ban bảo vệ sức khỏe cho tới ngày 21-1-1977, khi Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 08/CP về việc tách Vụ, Cục thì Cục Bảo vệ sức khỏe (nay là Cục Y tế) đã từng bước chuyên sâu hóa lĩnh vực hậu cần đảm bảo, đáp ứng tốt yêu cầu công tác của toàn lực lượng Công an. Ngày 21-1-1977 được xác định là ngày thành lập Cục Y tế, Tổng cục Hậu cần - Kỹ thuật, Bộ Công an[2] Ngày 24-12-1996, Cục Y tế chính thức trực thuộc Tổng cục Hậu cần.

Theo Nghị định số 01/NĐ-CP ngày 6 tháng 8 năm 2018 quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Bộ Công an. Sau khi giải thể các Tổng cục, Cục Y tế được thành lập trên cơ sở trực thuộc Tổng cục Hậu cần-Kỹ thuật trở về trực thuộc Bộ Công an.